A pesar de la poca participación de la ciudadanía en la elección a la gubernatura de Puebla, el Instituto Nacional Electoral (INE) reportó un total de 101 incidencias a lo largo de la jornada electoral, ninguna relacionada con violencia o que pusiera en peligro el desarrollo de la elección, destacó el presidente de la Junta Local del organismo, Joaquín Rubio Sánchez.
La mitad de las incidencias fueron que en 50 casos, hubo gente que intentó votar sin aparecer en la lista nominal como lo marca la ley, seguida de 13 reportes de funcionarios de casilla que se ausentaron por un tiempo prolongado, aunque esto ocurrió al inicio de la jornada y se subsanó horas más tarde.
Destacan nueve incidencias por el cambio de ubicación de casillas en el municipio de Cañada Morelos, pues se tomó la decisión de moverlas de lugar debido a la lluvia que se registró en esa zona y que era factor de riesgo en el desarrollo de la votación.
En nueve casos hubo suspensión temporal de la votación, pero fue subsanada; mientras que hubo ocho reportes por personas ajenas a la casilla que obstaculizaron el desarrollo de la jornada electoral.
Finalmente, también hubo seis reportes de representantes partidistas que obstaculizaron el desarrollo de la votación y otros seis casos de propaganda electoral en zonas aledañas a la casilla, cuando la ley marca que no debe haber publicidad a menos de 50 metros de las urnas.